Για τη διασφάλιση της αποτελεσματικότητας των κοινοτικών και εθνικών πόρων που συνδράμουν στην πολιτική για τη συνοχή, προβλέπεται η διεξαγωγή αξιολογήσεων πριν, κατά τη διάρκεια και μετά την υλοποίηση του Ε.Π. (άρθρα 47-49 του Καν. (ΕΚ) 1083/2006).

Οι αξιολογήσεις αυτές, στρατηγικής ή επιχειρησιακής φύσης, λαμβάνουν υπόψη το στόχο της  βιώσιμης ανάπτυξης και τη σχετική κοινοτική νομοθεσία όσον αφορά στις περιβαλλοντικές επιπτώσεις. Πραγματοποιούνται με ευθύνη του κράτους - μέλους ή της Επιτροπής και διεξάγονται από εμπειρογνώμονες ή φορείς λειτουργικά ανεξάρτητους από την αρχή πιστοποίησης και την αρχή ελέγχου, που έχουν οριστεί στο πλαίσιο του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου του προγράμματος.

Τα αποτελέσματα των αξιολογήσεων δημοσιοποιούνται με βάση τους εφαρμοστέους κανόνες για την πρόσβαση στα έγγραφα.

Εκτός από τις προτεινόμενες στο Επιχειρησιακό Πρόγραμμα, αξιολογήσεις, είναι δυνατόν να πραγματοποιηθούν, κατά τη διάρκεια της προγραμματικής περιόδου και άλλες αξιολογήσεις, σε περιπτώσεις που θα κριθεί αυτό αναγκαίο.