Σύμφωνα με το άρθρο 49 παρ.3 του Καν. (ΕΚ) 1083/06, η εκ των υστέρων αξιολόγηση αποτελεί ευθύνη της Επιτροπής. Κατά την εκ των υστέρων αξιολόγηση εξετάζονται ζητήματα, όπως η έκταση χρήσης των πόρων, η αποτελεσματικότητα και αποδοτικότητα του προγραμματισμού των Ταμείων και οι κοινωνικοοικονομικές επιπτώσεις από την εφαρμογή του προγράμματος με στόχο την εξαγωγή συμπερασμάτων για την πολιτική στους τομείς της οικονομικής και κοινωνικής συνοχής. Τέλος προσδιορίζονται οι παράγοντες που συνέβαλαν στην επιτυχία ή την αποτυχία της υλοποίησης των Ε.Π. και εντοπίζονται οι ορθές πρακτικές.

Η εκ των υστέρων αξιολόγηση είναι στρατηγικής φύσης, διεξάγεται από ανεξάρτητους αξιολογητές και ολοκληρώνεται το αργότερο μέχρι 31 Δεκεμβρίου 2015. Η διαχειριστική αρχή και η εθνική αρχή συντονισμού συνεργάζονται με την Επιτροπή για τη διενέργεια της αξιολόγησης παρέχοντας τα απαραίτητα στοιχεία.