Ο προϋπολογισμός του Ε.Π. «Τεχνική Υποστήριξη Εφαρμογής 2007-2013» ανέρχεται σε €264.708.883, αποκλειστικά δημοσίας δαπάνης. Από το σύνολο του προϋπολογισμού, το 85%, ήτοι €225.000.000, αφορά κοινοτική συνδρομή του ΕΤΠΑ και το 15%, ήτοι €39.705.883 αφορά σε εθνικούς πόρους.